Территория Индонезии составляет 1 919 440 км² (14-е место по площади среди стран мира и первое среди стран Юго-Восточной Азии). Расположенная по обеим сторонам экватора на островах Малайского архипелага и западной части острова Новая Гвинея и омываемая водами Тихого и Индийского океанов, она является крупнейшим островным государством мира. В состав страны входит не менее 17 508 островов, из которых около 6000 обитаемы, площадь подконтрольной морской акватории (внутреннее море, территориальные и архипелажные воды, исключительная экономическая зона) составляет 7,9 млн км². Значительная часть островов относится к Зондским, которые в свою очередь подразделяются на Большие Зондские и Малые Зондские острова. К Большим Зондским относятся самые крупные острова Индонезии — Ява, Суматра, Сулавеси и Калимантан (на последнем, помимо индонезийской территории, находятся часть территории Малайзии и государство Бруней-Даруссалам).